Une fois le logiciel idéal pour votre entreprise identifié, sa mise en œuvre repose sur 2 éléments clés: L'implémentation technique et la mise en application au sein de tous vos processus métier .

- l’implémentation technique est le plus souvent réalisée par l'éditeur du logiciel, mais à un degré variable . Pour les logiciels les moins onéreux,l'installation et le configuration sont parfois laissé à la charge de l'utilisateur, pour les solution plus complexes, l'installation et le configuration sont en principe assuré par l'éditeur, mais ne couvre pas en principe l’environnement informatique du logiciel ( réseau , serveurs, système d'exploitation, serveur de messagerie, etc ... ) . Il faut alors soit avoir ces compétences internes, soit faire appel à une entreprise de service informatique . Enfin, le projet d'implémentation doit être géré dans sa globalité afin que tous ces acteurs travaillent de façon coordonnée .

- La mise en application du logiciel dans l'entreprise est la phase la plus longue, elle demande l'adhésion et l'implication de tout le personnel . Chacun de vos collaborateur , par la connaissance spécifique qu'il a de son métier et de votre entreprise peut apporter des conseils précieux dans la configuration du logiciel. Impliquer le personnel tôt dans la démarche de mise en œuvre facilitera l'adhésion du personnel.

Une phase importante, et un poste de dépense à inclure dans l'acquisition du logiciel est les formation . Elle assurera l'utilisation rigoureuse, systématique du logiciel, garant de son efficacité, et par suite du retour sur investissement.